Der Stachel der lutherischen Lehre steckte jedoch tiefer als man glaubte und ließ einen tiefen Zwiespalt zwischen den Bürgern und der Herrschaft zurück. Das Tun und Treiben der Herrschaften war jedoch auch danach angetan, die Kluft immer weiter aufreißen zu lassen. Wie ein Funke zündete der Ruf nach Befreiung von jeder Zehentlast und Willkür die Flamme des Bauernaufstandes und riß auch besonnene Bauern dazu hin, den Pflug mit Kriegswerkzeug zu tauschen. Der 1595 gegründete Haager Bund, dem alle Bauern zwischen Enns und Ybbs angehörten, brachte Beschwerden an den Kaiser, der zwar Abhilfe versprach, jedoch die Auflösung des Bundes verlangte. Die Hinrichtung zweier aufständischer Bauern ließ die Flamme des Aufruhrs, die bisher im geheimen glomm, hell auflodern. Jede Besänftigung scheiterte an den hitzköpfigen Bauernführern, die nicht mehr eigene Not, sondern Abenteuerlust und Verblendung antrieb. Am Steinfeld bei Wiener-Neustadt bereiteten ihnen Morakhsys schwarze Reiter ein furchtbares Strafgericht. Die Anführer wurden hingerichtet, ihre Häuser dem Erdboden gleichgemacht und ihr Besitz eingezogen. Auch in Haag trauerten Frauen und Kinder um die hingerichteten Bauernführer Zehentmayer, Jakob Rauchberger, Wolf Erber und Hoislbauer.

Dem Zwiespalt zwischen den Herren von Salaberg und Bamberg, der so furchtbare Folgen gezeitigt hatte, setzte die Ausmarkung des Haager Burgfriedens im Jahre 1618 ein Ende und war gleichzeitig ein Grundstein für weitere friedliche Aufwärtsentwicklung von Kultur und Wirtschaft. Ein Beweis für das weitere Aufstreben mag auch die 1641 verfügte Verlegung des Georgi-Marktes von Klingenbrunn nach Haag gelten. In diese Zeit fällt auch der Neubau des Pfarrhofes, der an Stelle alter Bürgerhäuser errichtet wurde.

Die 1680 im ganzen Herzogtum und in Wien wütende Pest verschonte unser Haag. Dafür verheerten die bei der Türkenbelagerung in Wien 1683 eingesetzten Türken unser Gebiet sengend und brennend und nahmen zahlreiche Gefangene mit, die nur zum Teil von den tapferen Waidhofnern befreit werden konnten.

In den Kriegsannalen unseres Ortes ist wieder ein bedeutender Tag vermerkt: Silvester 1740. Fürst Khevenhüller rückt mit seiner Armee in Haag ein und schlägt nach 2 Jahren die vereinigten Baiern und Franzosen jenseits der Enns. Wieder ein Grund für die Haager, ihrer Siegesfreude durch erhöhten Fleiß und Verschönerung des Ortes Ausdruck zu verleihen. Die Bürgerhäuser am Hauptplatz wurden neu adaptiert. Da wollte auch Pfarrer Joh. Gnau nicht zurückstehen und schenkte den Hangern die Kirche in ihrer heutigen Gestalt. Die Seitenkapellen wurden abgrissen, die Emporkirche errichtet und 1745 der Hauptaltar neu erbaut. Nichts als einige Statuen und die Herrschaftsloge unterhalb des Sängerchores erinnern an die damalige barocke Pracht, die eine völlig unverständliche strenge Kunstrichtung der Neunzigerjahre des vorigen Jahrhunderts verrichtete und eine völlig wertlose und unschöne Einrichtung zurückließ. Freilich wurde ein schöner und edler gotischer Kirchenraum geschaffen, der viel Unschönes übersehen läßt. Der Friedhof wurde außerdem 1784 an seinen heurigen Platz verlegt.

Erwähnt muß in dieser Zeit auch die blühende Uhrenindusirie werden, die hier die weit bekannten "Spitzwinkleruhren" erzeugte. Leider sind die letzten Exemplare während des Krieges in Museen abgewandert.

Nicht allzu lange hatte der Frieden gewährt. Der große Korse, Napoleon I. überflutete dreimal unseren Ort mit seinem abenteuerlichen Kriegsvolk. Dechant Perschi überliefert uns in seiner Kirchenchronik aus dieser Zeit nur Plünderungen, Raub und Zügellosigkeit. Kein Haus wurde geschont. Selbst der Pfarrherr mußte, blutig geschlagen, mit den Bewohnern Schutz im Wald suchen. Für die ganze Gegend müssen es furchtbare Jahre gewesen sein, bis Napoleon endgültig geschlagen war und der Schrecken ein Ende fand. Dafür folgten diesen Greueln viele Jahre des Friedens, die Haag erst zum Mittelpunkt des Enns-Donauwinkels werden ließen.